Le ministère de la Transition écologique confirme que la restauration de la continuité écologique des cours d'eau reste une priorité. Cette politique vise à équilibrer la préservation de la biodiversité, la promotion de la petite hydroélectricité, la valorisation du patrimoine et les activités en eaux vives. À ce jour, 11 % du linéaire total des cours d’eau nécessitent une restauration écologique, avec des interventions planifiées sur environ 5 000 ouvrages d’ici 2027. Plutôt que leur suppression, les solutions techniques privilégient l’aménagement, comme la mise en place de passes à poissons, de rivières de contournement ou l’abaissement de seuils. Les études scientifiques montrent que l’effacement de petits ouvrages améliore la migration des poissons, la biodiversité et la qualité des eaux. Ces bénéfices, validés par le conseil scientifique de l’OFB, sont également corroborés par les collectivités locales exerçant la compétence GEMAPI. Les retenues d’eau créées par des seuils exacerbent l’évaporation, le réchauffement, et favorisent des problèmes tels que l’eutrophisation et la prolifération de cyanobactéries. Par conséquent, la restauration écologique contribue à renforcer la résilience aux sécheresses, améliore la qualité de l’eau et limite les inondations. Dans certains cas, les seuils aggravent les inondations locales ou causent des sur-inondations en aval lors de ruptures. Toutefois, depuis la loi « Climat et résilience » de 2021, l’effacement des seuils de moulins ne peut plus être prescrit pour satisfaire les obligations écologiques, sauf exceptions liées à la sécurité ou à la fin d’usage. Les effacements restent envisageables pour d’autres ouvrages inutilisés. De nombreuses ressources, accessibles sur le site de l’OFB, détaillent ces retours d’expérience et actions en cours.