La faune sauvage fait partie de la chaîne alimentaire et, à ce titre, sa démographie et ses problèmes de santé relèvent de la compétence de l'EFSA. Etant source ou hôte de maladies, une approche One Health dans l'évaluation des risques est aujourd'hui fondamentale. Pour s'attaquer aux problèmes de la faune sauvage, l'EFSA travaille avec des experts en coordonnant et en finançant le projet « ENETwild » dont l’objectif est de collecter des informations sur la répartition géographique, l'abondance et la structure des espèces concernées et d’étudier la dynamique de leurs agents pathogènes et leur interaction avec le bétail et les humains. A ce jour, les maladies les plus surveillés sont la peste porcine africaine (PPA), l’influenza aviaire hautement pathogène (IAHP), l'échinococcose alvéolaire humaine (EA), la maladie hémorragique épizootique (EHD), la dermatose nodulaire contagieuse, la rage, la fièvre de la vallée du Rift (FVR) et le SRAS-CoV-2 chez les animaux. En mars 2016, le Parlement européen et le Conseil ont adopté le règlement (UE) 2016/429 relatif à la « Loi sur la santé animale » (LSA), qui est en vigueur depuis le 21 avril 2021. Elle rassemble un certain nombre d'actes juridiques sur plusieurs maladies animales transmissibles et ses principes directeurs portent sur la prévention, la sensibilisation, la surveillance, le contrôle, l'éradication des maladies animales, la biosécurité et la traçabilité des animaux et des produits d'origine animale.