Des tensions surgissent également entre différentes commissions parlementaires, telles que celle de l'Environnement et de l'Agriculture, quant à la rigueur des régulations proposées. Les écologistes et certains groupes de défense des animaux souhaitent renforcer le texte pour inclure davantage d'éleveurs et de pratiques, tandis que d'autres préconisent une approche plus souple pour éviter des contraintes excessives aux petits producteurs. Un point de discorde majeur concerne les exemptions accordées aux chiens et aux chats errants, ainsi qu'aux animaux utilisés dans des contextes spécifiques tels que la police, l'armée ou la chasse. Bien que certains compromis aient été atteints, comme l'interdiction des mutilations avec des exceptions pour les chiens de chasse, des inquiétudes persistent quant à la robustesse globale du texte, particulièrement en ce qui concerne la régulation des ventes en ligne. En effet, les plateformes en ligne représentent une part significative du marché des animaux domestiques, mais le texte ne tient pas ces dernières responsables des annonces qu'elles hébergent, ce qui pourrait contribuer à la prolifération des abandons. Cette lacune est fortement critiquée par des organisations de protection, soulignant que la responsabilité devrait incomber aux plateformes pour réduire les pratiques irresponsables et les abandons résultant d'achats impulsifs. Après son adoption par les eurodéputés, le texte devra encore être ratifié par les États membres pour devenir contraignant, ouvrant ainsi la voie à de nouvelles discussions sur la protection et la régulation des animaux domestiques dans l'UE.