Le 26 février, un nouvel arrêté est paru au Journal officiel, remplaçant celui de 2010 sur les dérogations à la protection du grand cormoran, espèce d'oiseau piscivore protégée mais prédatrice envers certaines espèces de poissons vulnérables. L'arrêté antérieur, partiellement annulé par le Conseil d'État le 8 juillet 2024, a conduit le gouvernement à revoir sa stratégie en remplaçant l'arrêté-cadre. Désormais, les préfets fixeront les quotas départementaux de destruction des grands cormorans, avec un plafond maximal de 20 % de la population départementale recensée lors du dernier comptage national. Cette approche remplace l'ancien système triennal et permet une gestion plus flexible et adaptative des populations d'oiseaux. Le nouvel arrêté introduit également la possibilité d'effaroucher les cormorans par des moyens sonores ou visuels, sous conditions strictes de lieu et de période, similaires à celles des opérations de tir autorisées. De plus, il distingue les périodes d'intervention pour la protection des piscicultures, où les mesures peuvent être appliquées de l'ouverture de la chasse des espèces de gibier d'eau jusqu'au dernier jour de juin. En revanche, la protection des populations de poissons menacées se limite à la période de l'ouverture de la chasse jusqu'au dernier jour de février. À noter que dans certains départements (Calvados, Côtes-d'Armor, Eure, Finistère, Ille-et-Vilaine, Manche, Morbihan, Seine-Maritime), aucune dérogation n'est accordée en raison de la présence de la sous-espèce strictement protégée Phalacrocorax carbo carbo, indiscernable de la sous-espèce Phalacrocorax carbo sinensis.